İlk çağda Cyssus adıyla bilinen Çeşme, Anadolu'nun Batı kıyısında MÖ.1000 yıllarında tahmin edilen 12 İyonya kentinden biri olan Erythrai (Eritre)'nin Ildırı İskelesiydi.Bu nedenle Çeşme'nin tarihi ile bir arada ele alınması gerekir. Bugün arkeolojik ve turistik yönden büyük önem taşıyan Eritre, MÖ.7. ve 8. Yüzyıllarda büyük bir iktisadi güce sahip olmuştur.Bu dönemde kent,Doğu Akdeniz ve özellikle Kıbrıs ile ticari ilişkilerde bulunuyor ve  Sakız adası (Chios) ile birlikte esir ve şarap ticaretini elinde tutuyordu. Eritre, önce Lydia (Lidya), sonradan Perslerin saldırısına uğrayıp büyük ölçüde zarar görmüş, MÖ.14.yüzyılda ise yeniden zengin bir devlet olmuştur. M.Ö. 2.yüzyılda kent, Bergama krallığına, daha sonra da Roma İmparatorluğuna bağlanmıştır. Romalılar zamanında Çeşme yöresi Cyssus adını almıştır.Roma imparatorluğu ikiye bölününce Bizans topraklarında kalan Eritre, önemini kaybetmiş, özellikle pagan geleneklerine karşı olan inancın güçlendiği dönemde, kentteki antik yapıların çoğuna büyük hasarlar verilmiştir.

Ortaçağ boyunca Bizans İmparatorluğu'na bağlı olan Eritre, Çeşme Yöresi ve Klozemene yarımadası ilk olarak M.S. 1081'de Selçuklular devrinde  Çaka Bey tarafından Türk egemenliğine geçirilmiştir. Osmanlılar zamanında Yıldırım Beyazıt tarafından yeniden Osmanlı İmparatorluğu'na bağlanan kent 1402 Ankara Savaşından sonra Timur tarafından tekrar Aydınoğullarına bağlanmış,1422 yılında yeniden Osmanlılara geçmiştir. Birinci Dünya Savaşından sonra yurdumuzun paylaşılmasıyla Çeşme Yunanlılar tarfından işgal edilmiş,fakat Kurtuluş Savaşı'nda,Fahrettin Altay Paşa birlikleri tarafından,16 Eylül 1922'de düşman işgalinden kurtarılmıştır. İlçenin adından da anlaşılacağı gibi birçok tarihi çeşme'yi bünyesinde barındırmaktadır.